Las redes nacionales de MetaRed en cada país articulan su actividad a través de Grupos de trabajo en los cuales se realizan los proyectos que se comparten entre las instituciones de educación superior de un país.

Con el objetivo de colaborar internacionalmente, MetaRed tiene en estos momentos constituidos los siguientes grupos de trabajo internacionales donde participan los coordinadores de los diferentes grupos de trabajo de cada país.