El máximo órgano de gobierno de MetaRed es el Comité de Presidentes/as Rectores/as Internacional encargado de marcar las líneas estratégicas de MetaRed.

El Comité está formado por los Presidentes/as Rectores/as de cada una de las redes pertenecientes a MetaRed:

  • Argentina: Dr. Alejandro Villar, Presidente de MetaRed Argentina y Rector de la Universidad de Quilmes.
  • Brasil: Dª Lúcia Teixeira, Presidenta de MetaRed Brasil, Presidenta de Semesp y Rectora de UNISANTA. Universidade Santa Cecilia.
  • Centroamérica y Caribe: Dr. Carlos Araya Leandro, Presidente de MetaRed Centroamérica y Caribe. 
  • Chile: Dr. Álvaro Rojas, Presidente de MetaRed Chile y Rector de la Universidad de Talca.
  • Colombia: Padre Jorge Humberto Peláez Piedrahita, Presidente de MetaRed Colombia y Rector de la Pontificia Universidad Javeriana.
  • Ecuador: Dra. Cecilia Paredes Verduga, Presidenta de MetaRed Ecuador, Presidenta de CEDIA y Rectora de la Escuela Superior Técnica del Litoral, ESPOL.
  • España: Dr. Juan Gómez Ortega, Presidente de Crue-TIC y Rector de Universidad de Jaén.
  • México: Mtro. Jaime Valls Esponda, Presidente de MetaRed México y Secretario General Ejecutivo de ANUIES.
  • Perú: Dr. Edward Roekaert Embrechts , Presidente de MetaRed Perú y Rector de la Universidad Peruana de Ciencias Aplicadas.
  • Portugal: Dra. Ana Costa Freitas, Presidenta de MetaRed Portugal y Rectora de la Universidad deévora.

Cada una de las redes cuenta con una Secretaría Ejecutiva, desde la cual se planifican las acciones que se realizan en cada una de las redes, teniendo como guía las líneas estratégicas propuestas por los Presidentes/as Rectores/as. Todas ellas forman parte del Comité de Secretarios/as Ejecutivos/as Internacional de MetaRed:

  • Argentina: D. German Reynolds. Secretario Ejecutivo de MetaRed Argentina y Coordinador Académico de la Universidad Nacional de Quilmes.
  • Brasil: D. Fábio Garcia Reis. Secretario Ejecutivo de MetaRed Brasil y Director de Innovación y Redes de SEMESP.
  • Centroamérica y Caribe: D. Alonso Castro Mattei. Secretario Ejecutivo de MetaRed Centroamérica y Caribe y Director TI de la Universidad de Costa Rica.
  • Chile: D. Luis Valenzuela Moreno. Secretario Ejecutivo MetaRed Chile y CIO de la Universidad de Talca.
  • Colombia: D. Luis Francisco Martínez. Secretario Ejecutivo de MetaRed Colombia y CIO Pontificia Universidad Javeriana.
  • Ecuador: D. Juan Córdova. Secretario Ejecutivo MetaRed Ecuador y Director de la Maestría en Telemática de la Universidad del Azuay.
  • España: D. Pedro Miguel Ruíz Martínez. Secretario Ejecutivo de Crue-TIC y Vicerrector de Estrategia y Universidad Digital de la Universidad de Murcia. 
  • México: D. José Luis Ponce López. Secretario Ejecutivo de MetaRed México y Director de Tecnología de la Información de la ANUIES.
  • Perú: D. Jorge Bossio. Secretario Ejecutivo de MetaRed Perú y Director de aprendizaje y Online de la Universidad Peruana de Ciencias Aplicadas.
  • Portugal: D. Joaquim José Santos Lopes Godinho. Secretario Ejecutivo de MetaRed Portugal y Director del Servicio de Informática de la Universidade de Evora.

En cada red existe un Comité Ejecutivo al que pertenecen además del Presidente/a Rector/a y del Secretario/a Ejecutivo/a las personas que coordinan los diferentes grupos de trabajo de dicha red, se pueden consultar todas las personas en las páginas webs de cada una de las redes.